序幕
游戏从半条命2结束时的大爆炸开始，紧接着原作。一开始，布林博士先来了两句遗言：“弗里曼，你带来了毁灭，你创造了什么，我想不出来”。
爆炸，ALYX用手挡住双眼，慢镜头，几个弗地岗人出现，救出了ALYX。然后又是咱们的老朋友--讨厌的GMAN又从门里走出来了，一出来很不高兴的样子，说“我们走着瞧”然后几个弗地岗人把他推了回去。
章节1 过渡惊慌
ALYX带着阿狗寻找弗里曼，扒开巨石，把咱们的主角救了出来，ALYX扑进了弗里曼的怀抱，说我很担心什么的，呵呵，看来两人还真有戏。阿狗给弗里曼一把重力枪，黄色的。伊莱来电，ALYX跳上了台阶，用重力枪把铁门吸下来就能上去了。ALYX和伊莱联系，信号不好，让阿狗扶着天线，信号马上强了。
电话里说要马上离开城堡，要爆炸了，缓解的办法只能让葛登进入城堡，干涉堆心才行。这下又有事干了！进入城堡却成了问题。阿狗找了汽车，和ALYX坐进去，被阿狗丢进了城堡。车滑了下去，下车。向爆炸的方向走，然后找路进入下一个地图。
跳下台阶，看到一个新的人物，ALYX叫他“幽灵”，能用眼睛发射激光的。ALYX打开一扇门，进去拿滚雷，打开红色开关，滚雷就都滚出来了，小心别被打下去。拿到后乘电梯上来，ALYX改装了一下滚雷，放下它，滚雷自动把两个幽灵干掉。
粒子桥打开，上面冲过来的联军士兵被破损的发电机吹出来的风消灭了，过这里要按住SHIFT快跑。跳下台阶，ALYX打开控制台，布林出现在屏幕上。咦，他不是挂了吗？呵呵，原来是录像。突然电脑被敌人强行控制，一个巨大的白色家伙被传送门传走了，不知是什么，难道就是传说中的X星生物？EMP开门，前面进入没收区，呵呵，蓝色重力枪又回来了！
哇，好大的一条沟啊！要找路到对面。粒子桥只有一边能用，另一边坏了，过不去。吸起光球，把它打到闪着红光的发电机里就可以了，接着走，用同样的方法打通第二座桥。第三座桥处，一边的发电机有东西挡住，利用光球反弹才行。钻过一个洞，接着走，沿路进入下一个地图。
同样的方法，吸光球，打到发电机里，电梯启动，当心从上面掉下来的东西，别把电梯砸坏，注意用重力枪保护。中途电梯又停了，还是吸光球，利用反弹让光球进入发电机。第二次停下，还得用这个方法，只是这次有个幽灵捣乱，用光球干掉它，启动发电机。电梯停下，赶紧下来，否则会被掉落物砸死的。
