在紧张刺激的接天岭一役，素还真苦劝江湖数大高手不成，逼不得已施展玄子神功逼使数大高手隐退，精采的开幕动画导入这霹雳奇侠传的世界中经过十多年之后，画面来到万宝洞，主角秦假仙述说金太极、独眼龙以及史菁菁的三角关系，诞生紫霹雳的情事，由于金太极中了黑色十字会的圈套，而被囚禁在地狱窗，因此秦假仙决定去翠竹林探访史菁菁以及紫霹雳，突然间歧路人进来抢占巢穴，他决定住在这里不走了，以后你就可以在这里买卖东西，以及交换秘籍！建议先买五个补血的止血草以防万一(其实是等一下可以用)
出了万宝洞之后路旁有蝴蝶以及鼠儿果可以拿喔，从此以后每到一处陌生的地点最好把鼠标四处动一动看看光标会不会改变，常常有很多好康的喔^^，再往前遇上一位白水江的剑狼，利用混元卷螺掌打他，血不够使用补血草当可以击败他(若被他干掉也没关系，不过他会拿走你的钱！)
出去后来到翠竹林，再进入小屋后发现金太极昏迷不醒(房子里有不少好药的喔!)，原来是独眼龙已经奋力到地狱窗救出金太极了，然而金太极因为太久不曾见到阳光，导致七孔流血昏倒了！突然外头紫霹雳呼喝一声，大伙儿赶快出去看看，发现外面站着五位大名鼎鼎的五海主宰，随后出现一白骨灵车之主，白骨灵车之主要求掀开独眼龙的眼罩要看里面到底是不是霹雳眼，然而独眼龙不从，但在大家要胁之下，于是与其中一位主宰进入房内查看霹雳眼，出来后发现并不是，这时白骨灵车之主提供一个消息，要让金太极恢复意识，需要有“血肉根”，而血肉根位于九层天通天柱之上，在获知这个消息后，众人商量觉得难度太高，秦假仙决定先去三圣会找万教武尊帮忙
于是来到三圣会，然而武尊以要先歼灭黑色十字会之由回拒，在没有办法之下只好回去，在走出三圣会之后，在门口旁边遇上矮侠恨天高，他不知哪里来天大的胆子以及秦假仙的怂恿之下，带着小天星要去炸掉白骨灵车的主人，秦假仙于是随后跟去奇幻海看看是不是真的干掉那个讨厌的白骨大哥……结果一到奇幻海发现白骨灵车还是好好的，而且白骨灵车之主还扬言要在一个月之内干掉矮侠恨天高。
回到紫竹林，在路上遇到矮侠，他感到害怕于是说要跑去百孔狭道躲起来，他在地上留下了'小天星'要捡起来喔！(对了！在之前你出翠竹林时应该会减到一把材刀，在小木屋前面有一个大竹筒，使用材刀劈开竹筒会得到纯阳真体秘籍)，进入小木屋找独眼龙发现紫霹雳消失了，于是决定去九层天搭救紫霹雳，进入九层天之后，在入口不远处的石桥上遇上红骷髅白骷髅，记得一定要使用小天星来干掉他们，再往前走会看到紫霹雳的尸体，独眼龙在这时失去理智不顾一切冲了进去，秦假仙随后跟了上去，在这里会有连续好几场的战斗，在打倒之后他们留下的尸体，会留有数本秘籍，要记的捡起来！
来到通天柱之后，会出现一段动画，最后独眼龙会迎战半天鹰，但这时实力相差太过悬殊，因此你只要专心补血就好，待接到四掌之后，半天鹰起了惜英雄之心，飞上通天柱将血肉根取下送给独眼龙，这时歧路人传来消息说万宝洞进货了，待会儿倒是可以去血拼一番^o^
在回程中遇上挡路人一屠勇，奉上层之令要来个赶尽杀绝，但这时独眼龙已经奄奄一息了，在紧张时刻出现一位神秘人来帮忙，与秦假仙一同对付一屠勇，由于秦假仙这时很弱最好负责补血就好，在解决之后神秘人也离开了，然而又进来一位别人的失败就是我的快乐的黑白郎君，他也佩服于独眼龙的气魄，特地过来相助送独眼龙回去翠竹林。
让金太极服下血肉根之后果然金太极醒来了，然而大伙儿却得知紫霹雳不幸丧生的消息，金太极一时冲动要与独眼龙一起去复仇，这时远方出现了白骨灵车之主，他带来了一个可以让紫霹雳死而复生的消息，若要让紫霹雳复活需要五样东西，“百年不死之脑”,“丝毫能查之眼”,“通灵知性之心”,“操控生死之手”,“顷刻万里之足”,而且提供了底下的消息：
百年不死之脑只有蜕变大法的创始人蟒中龙与万变魔女有，因为练成蜕变大法的人脑是不死的，所以才能蜕变再蜕变。
通灵知性之心在黑色十字会之主身上。
矮侠恨天高有一双顷刻万里之足。
丝毫能查之眼就是九眼如来半天鹰的第五颗跟第六颗眼睛。
而操纵生死之手分别位于三大剑术高手玉菩心花风云，冷剑白狐跟剑藏玄身上。
找到五样东西之后，还需要找到创造玄子神功的人而且须在49之天内找到，否则紫霹雳就回天乏术了。
经由白骨灵车主人透露出的消息，众人决定先去百孔狭道找矮侠恨天高，进入百孔狭道之后，恨天高一看情势不对就躲了进去，而金太极以及独眼龙也随后跟了进去，然而百孔狭道地形复杂，秦假仙等三人根本抓不到恨天高，这时秦假仙灵机一动，决定出去找东西堵住动口，于是秦假仙就出去了，这时你在外头可以看见多出了一个地标，这乃是黑白郎君与蜕变妖郎的决战地点——盘丝洞，秦假仙一进入果然洞内杀声镇天，然而洞口被蜘蛛丝给封住了！眼尖的读者一定会发现蜘蛛丝上头有一只金光闪闪的金蜘蛛，于是秦假仙就把金蜘蛛给收了起来。
回到百孔狭道，秦假仙于是使用金蜘蛛将百孔狭道的绝大多数洞口给封了起来，只留一处去路，再进入其中之后，与独眼龙及金太极会合，三人商量要将恨天高给逼到角落处，让他逃之不得，于是就开始玩你追我跑游戏……终于，矮侠被逼到角落无法躲藏了！逃不了只好一战，由于矮侠很弱，应可轻松解决，在击败他之后金太极砍下了矮侠的双腿，得到了顷刻万里之足，正待要饶他一命时白骨灵车出现了！这恶魔头仍忘不了之前被偷袭的怨恨，且大声不惭的说实现其之前的承诺，然后驱车将恨天高给辗毙了，真是一个十足可恶的家伙呀！
接下来三人决定去九层天挑战半天鹰，这时敌人变的比较强了，在靠近通天柱时果然找到了半天鹰，在一阵厮杀后半天鹰败战下来，这时独眼龙忆起之前得半天鹰之恩，决定放他一马，让半天鹰给飞上去了，在结束剧情画面后再往前会自动进入一影片画面，这时霹雳门第三代教主冷剑白狐出现了，他很冷酷的宝剑出鞘干掉了半天鹰，并将丝毫能查之眼赠给了金太极，并劝金太极回到霹雳门，然金太极不从，但是答应以后将为霹雳门做一件事，于是冷剑白狐满意的离去了。(结束之后记得要将半天鹰的尸体给收埋起来，可以顺便得到一本秘籍)
之后回到了翠竹林，但在其中却站着万教武尊，他告知史菁菁已经被黑色十字会所擒，且三圣会已经举派大军再黑色十字会周围包围，于是众人朝地图上新出现的黑色十字会出发，一到黑色十字会万教武尊却说这里交给你们，他们将会将其分坛巢穴给击破，真一个专捡软柿子吃的武尊阿！黑色十字会的敌人相当多，但这时独眼龙应该已经学得刀法一扫而空了，利用这招将可轻松解决，而且里面的敌人多会留下鼠儿果，多赚一些无妨，在中途会遇上两个中头目，解决掉他们之后，歧路人又传来铺新货的消息了！再往前进入会遇上黑色十字会之主，不多说当然是把他给干掉啦！在战斗结束之后黑色十字会之主想跑却不小心掉下了面罩，众人一看，居然是心海主宰静流君！这……杰克，未免太神奇了！于是众人决定去奇幻海找他。
到达奇幻之海后，(那些家伙正在讨论，提到百年大计……)静流君却否认是黑色十字会之主，且道出其实那是他的胞弟，这时真正的黑色十字会之主从后方出现，仇海主宰怒流君这时突然发招把黑色十字会之主给干掉了……并将通灵知性之心送给秦假仙一般人，这时白骨灵车又出现了！并提到应当将紫霹雳的尸首存放在百棺机密门，且应当去“三圣会”询问闻世先生这方面的消息。
众人来到三圣会，万教武尊提到在剿灭黑色十字会分坛时，发现了一具烧焦的女子尸体，大家认为应该是失踪的史菁菁，万教武尊于是宣布将其尸体安置在英雄楼忠烈阁内，金太极这时因受不了打击，就先行离开到百棺机密门等候，这时秦假仙等就询问闻世先生有关百棺机密门的的秘密，闻世先生提供了一则情报，要打开百棺机密门的口诀是：
百棺百棺、机密机密、百棺机密
闭门开门、开门闭门、百棺开门
于是来到了百棺机密门，金太极已经在门口等候了，想必他这时一定是相当悲愤吧！在门口有一个机关，点机关之后会出现文字讯息供你输入，把先前得到的口诀一字无差的打入，门就打开了！进入之后记的要到旁边的空棺将紫霹雳的尸体放入，然而在这之内大家发现了已死好久的擎天子尸体，但是却不见腐化，讨论中提到擎天子曾经使用玄子神功打败过黑白郎君，绝对与玄子神功有关，于是决定去找白骨灵车之主来解开这个谜，而独眼龙及金太极则将其棺木拖出百棺机密门。
秦假仙于是来到了奇幻海找白骨灵车说明原因，百骨灵车之主也答应，于是回到百棺机密门，在门口处众人要白骨灵车之主使擎天子说话，白骨灵车要秦假仙打开擎天子的嘴巴，在打开嘴巴之后突然从擎天子的嘴里射出一道发光体击中白骨灵车，把白骨灵车给吓跑了……秦假仙之后调查擎天子的嘴巴，得到了“金色的树叶”，使用金色的树叶结果浮出字来，金色树叶上写着：
九死一生洞，九死难一生谁若有命出，堪称天下王
于是众人决定朝九死一生洞出发了！
来到了九死一生洞的洞口，由于大家争着要跳进去，而且想说一定会有人牺牲，秦假仙自告奋勇说他运气最好，决定率先一跳，一共有十个洞，其中只有一个是通路，其它的都会让你game over!笔者在这里卖个关子，大家先存个档跳他一跳吧！看会不会真的运气很好一次就OK？
