◎剧情转换
拉古那来到一个小村休养，一天小女孩前来告知酒馆中出现一位奇装异服的人，前往一看发现竟是许久不见的好友启罗斯。
得知启罗斯自从前次跳崖后，躺了个把月，可是拉古那比他更惨，足足躺了将近半年，幸好得到村民的悉心照料才得以痊愈，因此拉古那为了报恩，便每日巡逻村子内外，并一一消灭发现的怪兽。
与启罗斯交谈(选最后一项)离开酒馆到村口一路往下走，沿途宰了不少怪兽，行进一段时间，拉古那会说今日任务结束，就回酒馆二楼见店主后回家休息。
◎剧情转换
遭逮捕的一夥人除了主角外都被关在一起，只是艾文尼不知身在何处，不久连女主角也被强行带走！
单独被关的主角则是遭席法尔招待电刑，此时有支蒙巴[Moomba](曾玩过FFⅦ的朋友们是否觉得与其中的[赤兽13]有一些相像呢！)偷偷送食物给赛鲁等人，却被守卫发现并踹了一脚，此时赛鲁挺身相救（选第1项），至于被严刑拷打的主角则是宁死也不愿意说出任何消息（选第1项）在主角被电到晕倒后，此时剧情转回同伴处。
赛鲁、吉斯蒂丝、赛菲为了逃狱将狱警骗进牢房，打倒狱警之后到楼上将两名士兵K倒即可以将武器夺回。
脱出牢房后一路往上走，于途中会发现几支蒙巴，跟着一直往上来到最上层即可以救出主角，之后要分开行动，首先让赛鲁留在第13层，其余则前往第1层，到第1层没多久就听到上方传来枪声，大夥觉得是赛鲁出事连忙赶回，在赛鲁遭典狱长抓住时主角出现解救。
但是脱出此地才是个大问题，因为艾文尼得知这个刑务所位于地底，所以将人马为两组，一组由主角带领往上前进，而另一组则由艾文尼带领往下走。
主角终于来到最顶楼(此处会发生强制战斗)，将敌人打倒后由通道逃出去，进入对面的建筑物中便可与艾文尼等人会合分乘两辆车逃出收容所。
逃出后与同伴商量后，为了阻止魔女使用飞弹摧毁学园，一行人再分为两组，主角搭乘火车返回学园报告，另一组前往飞弹基地阻止飞弹的发射。
进入收容所东边的飞弹基地(顺着公路走，经过魔女所在的城市后就可看到)，进入室内到左边的门前调查门边右侧的读卡机后发现需要ID卡，利用先前在车上捡到的ID卡进入。
前进到第二记录点下方处打听消息，再回第二记录点右边的仓库找整备兵，接着回记录点下方回报后，再前往变电室，来到变电室后得知目前是换哨时间，在守卫离开后就可进入变电室，先破坏控制系统，破坏后立刻离开，守卫询问时回答(第二项，第二项、第一项)后把他们拉进变电室海K一顿。
因为电源被破坏，到仓库后整备兵会要求帮忙(选项时都选第1项)往前站在两名装备兵之间后按□钮连打就可推动，完成后会要求确认下次飞弹的攻击目标！
上楼将门边的电脑之误差值设为最大，接着传送更改过的资料，设定完毕后再与楼口的守卫交谈即可进入上面的控制室，进入控制室后身份会被揭穿，战斗后启动左边的中止飞弹发射装置任务就算完成，再进入控管室内部启动自爆装置后(时间不用设定太久)，尽快逃离此地(可是还没死的士兵仍然按下了发射钮)逃至广场后会与机械兽战斗，但……却无法逃离此基地。
剧情转回学园，在大厅见到风神与雷神后，先将一楼的六项设施(驻车场、保健室等)全部走完后前往寻找学园长(这段过程建议全选第一项)，往二楼教室走廊处即可得知学园长在三楼的办公室。
见到学园长后可得到一把钥匙，使用这把钥匙搭电梯前往地下室。
走到一半电梯会停止，调查主角脚下的通道可进入通道，见到转盘将之转动(先按○钮后再按□钮连打)成功后可沿着梯子往下爬，接着主角爬上梯子，途中梯子会折断使主角掉至另一个控制室，在控制室内对着右边的控制台调查后再爬上刚才的梯子与同伴会合，之后打开栏杆边蓝色的闸门并顺着楼梯往下到最底处，将启动装置打开后进入剧情动画。
次日到大厅得知教员要见主角，搭电梯到地下室见到教员后交谈数句后进入战斗(怪兽身上的灯会有蓝、黄、红的变化，变成红色时会遭魔法攻击，只要直接攻击就可让它变回蓝色，此处可用吸收魔法取得G.F[海洋幻兽])。战斗完毕后到医务室找医务士(交谈时选第2项)并见到学园长(交谈时选最后一项)，接着返回大厅发现不明舰艇靠近，由二楼教室走廊底的门出去，会发现自称是来见学园长的白色SeeD学员，剧情后到图书馆找一位女孩，在船员离开后主角开始回忆起自己的童年…..起床后，见到赛鲁(交谈时选第一项)出宿珊筢发生剧情，再由二楼教室走廊底的门出去后接受[佛洛站长]的委托后赶往驿站，救出[杜普站长]并打倒敌军，接着将巨型机械兽打倒后发现往飞弹基地的同伴竟回来了。
到驿站右上的工作室中与老人交谈后返回学园，先到校庭与同伴交谈后再回学园长室向学园长报告，此时学园长决定向魔女宣战，而任命主角为学员长。
同伴们听说主角被任命为学员长后决定办一个音乐会，再来就是分配各人的乐器。
晚上与女主角去听音乐会，在演奏中与女主角到音乐会场右边之处谈话后返回休息，次日主角来到3楼的舰桥后驾驶学园前往巴拉姆。
此时巴拉姆已遭占劣邙无法自由进出，不过经过与守卫的多次交谈后还是让大夥通过了，并打听到指挥官下榻在巴拉姆的旅馆之中。
先往港口与身边有支长耳猎犬的士兵交谈后，回到火车站边的道具店交谈再返回港口找一位情报贩子(躲在军车后)，见到情报贩子后选择30000之情报。
再回到赛鲁家中的房间与人交谈至小孩跑出去，出房时与赛鲁母亲交谈，再前往火车站仍未发现指挥官，只有返回港口请长耳猎犬帮忙，一路跟着它到列车旁，居然看到雷神自列车上匆忙的逃走。
返回旅馆见到雷神，打倒他后进入旅馆可见到风神后进入对战(此处可用吸收魔法在风神身上取得G.F[风之幻兽])。
完成了巴拉姆的任务后往东北的[特拉比亚.哥登]废墟，翻墙进去后先与同伴交谈(选第一项)，再往右到电脑室，再往左前去篮球场，接着前往石像右边的墓地，发现赛菲正在祈祷然后再回篮球场，到篮球场与同伴会合经过剧情后，前往位于大陆南南西方的孤儿院(位于地图最下(南)方大陆的角上)。
来到孤儿院后返回校庭后发现另一架飞空艇(向该飞空艇前进，即开始新的事件及剧情)，画面进行至操纵室时先选第一项，然后至升降梯处选第一项往一楼之校庭，在校庭中见到赛鲁，并将戒指借给赛鲁。
此时席法尔带领大军入侵学园，赛鲁一组人也向着校庭左方前进，途中赛鲁将向主角的戒指交给女主角，但女主角却因冲撞而滑落到船外，在上面的同伴无法救他，只好向主角求援…..
到大门向主角告知女主角发生危险后，主角下令分为三组，一组到教室退敌，一人往大门，他则去救女主角。
到教室解决来袭的空中部队后先与教室右下方的老师交谈后，前往三楼见医务士，决定展开反击，于是主角开始攻入敌方之阵地…..
往二楼教室走廊底的门走，与蹲在地下的人交谈后会遭敌人攻击，利用紧急逃生门(按○钮选第三项后再选第二项)，摔出去后照画面指示(一直使用○钮攻击)，打倒敌人后即可救到女主角，之后两人进入敌阵之中，进入后先走右边的通路，再上右边的楼梯，上楼后向左转(此处可见到风神及雷神)到右边宿舍内可拿到1号钥匙，用1号钥匙打开左边的门进入溜冰场，由右边的门出去后进入头一个看到的门，可与学生取得2号钥匙，再回到见到风神及雷神处，往上走即可到达2号门，接着再前往楼上，跳下至一楼的中庭展开头目战，(打倒头目后可得到G.F[地狱三头兽])往下到左边的教室可以取得电梯钥匙，前往二楼的接待室就可坐电梯通往魔女房间了。
到魔女的房间后席法尔再度出现，但打倒席法尔后魔女又跑了！离开魔女的房间往右到大讲堂，再次将席法尔击倒后，会与魔女展开对战(此处可用吸收魔法在魔女身上取得G.F[亚历山大---圣])，战斗后女主角倒了下去….
